1、清洗柠檬
柠檬是制作蜂蜜柠檬水主要材料之一，由于柠檬是带皮(柠檬皮富含维生素、果胶及多酚类物质)冲泡的，因此制作蜂蜜柠檬水的第一步是将柠檬清洗干净，具体方法是先用盐水浸泡10～15分钟，然后再用硬毛刷将表面刷洗干净，尤其是柠檬表皮上的那一层蜡质。
2、温水冲泡
柠檬清洗干净后便可用来冲柠檬水了，在冲泡柠檬水时一般有两种方法，第一种是先将柠檬切成薄片后再用60℃的温开水冲泡，第二种是先将柠檬榨成柠檬汁后再用40℃的温开水调匀，另外如果是购买的干柠檬片也可先用温水清洗干净后再用60℃的温开水冲泡。
3、加入蜂蜜
加入蜂蜜是做蜂蜜柠檬水的最后一步，这一步虽然看似非常简单，实际上也是很有学问的，其一是蜂蜜的量不能过多，否则可能因摄入糖分过多而影响蜂蜜柠檬水的效果，其二是选用的蜂蜜最好是自然成熟蜜，事实上只有自然成熟的蜂蜜才算得上是真正的蜂蜜。
4、正确饮用
蜂蜜柠檬水在饮用上也是大有门道的，其一是蜂蜜柠檬水不能空腹饮用，否则易因胃酸过多而导致胃肠疾病，最佳饮用时间是饭后1～2小时，其二是蜂蜜柠檬水不能过量饮用，长期过量饮用往往会适得其反，另外胃酸过多或胃肠病的人群最好不要喝蜂蜜柠檬水。